Stolz trutzt das kleine Wendelsteinkircherl auf seinen 1738 Metern Höhe – auf einem Felsrücken rund hundert Meter unterhalb des Gipfels des Wendelsteins stehend, gilt sie als die höchstgelegene Kirche Deutschlands. Mit dem Bau wurde 1889 begonnen, zu einer Zeit, als die Zahnradbahn noch nicht existierte. Vorangetrieben wurde die Idee von Münchner Bergfreunden, allen voran dem Professor Max Kleiber, der dazu Geld in aller Welt sammelte. Ob der Unmut der damaligen Wirtin des Wendelsteinhauses darüber, „dass sie da droben das ganze Jahr über in keine Kirche komme", ihm den Ausschlag für den Bau der Kirche gab, ist nicht überliefert. Der fanatische Wendelsteinfreund Max Kleiber ließ es sich jedoch nicht nehmen, das vergoldete Turmkreuz eigens auf den Berg zu tragen. Die Ausstattung des Inneren des Gotteshauses wurde neugotisch gehalten und von Münchner Künstlern ausgeführt. So sind in den kunstvoll gestalteten Kirchenfenstern Szenen des Münchner Stadtlebens zu erkennen. Im Sommer finden nach wie vor regelmäßig Messen statt; zudem dient die exponierte Lage vielen Hochzeitspaaren als glückverheißender Standort, um hier den Bund fürs Leben zu schließen.
Am Gipfel selbst findet sich noch weiteres Gotteshaus - die dem heiligen Wendelin geweihte Wendelstein-Kapelle. Ihr Bau lässt sich auf die Legende zurückführen, nach der ein Bauer aus Bayrisch Zell 1718 auf dem Weg über den Berg seine Pferde verlor. In der Not sprach er ein Gelübde aus, dass, wenn er seine entlaufenen Pferde wieder heil zurückerhalte, er auf dem Gipfel ein Kirchlein baue. Das einfache Bauwerk bestand ganz aus Holz und wurde mit Steinen ausgefüllt sowie mit Eisenbändern zusammengehalten. Dazu Zudem wurde es in runder Form errichtet, damit die Kapelle Stürmen keinerlei Angriffsflächen bot – was ihr bis heute gelang.